Salut.
Non, vu que tu te fais payer ces jours au fur et à mesure, à la fin du mois, alors ta régularisation portera uniquement sur les semaines prévues au contrat, pas sur les heures en plus. D'ailleurs, une régularisation ne prend jamais en compte les déductions de salaire ou les ajouts. On ne fait que comparer la mensu de base avec les semaines de base réellement travaillées.
Par contre, pour les CP, ces 2j te donneront une semaine de travail supplémentaire à inclure dans le nombre de semaines totales travaillées entre juin 2011 et mai 2012.